Bonjour,
Oui ceci est possible et ne pose pas de problème. C'est même le comportement par défaut si vous faites une extension de document.
On peut même faire en sorte de pouvoir éditer le document YDocument dans le backoffice du module X si on le souhaite. Ceci se fait en déclarant les formulaires d'edition et en modifiant la perspective du module X dans l'override du module X.
Pour une meilleure réponse, pensez à indiquer la version sur laquelle vous rencontrez des difficultés, ainsi que son type (CMS ou eCommerce core).
Pour tout problème d'installation indiquez le nom de l'hébergeur et s'il s'agit d'un serveur mutualisé ou dédié.